Bahagian Kesihatan Awam diketuai oleh Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri (Kesihatan Awam). Bahagian ini terdiri daripada 12 unit utama seperti berikut :

1. Cawangan Perkembangan Kesihatan Awam
2. Cawangan Perkembangan Kesihatan Keluarga
3. Cawangan Tibi dan Kusta
4. Cawangan AIDS / STD
5. Cawangan Kawalan Penyakit Tidak Berjangkit
6. Cawangan Kawalan Penyakit Berjangkit
7. Cawangan Kesihatan Pekerjaan dan Alam Sekitar
8. Cawangan Vektor
9. Cawangan Kejuruteraan
10. Cawangan Pemakanan
11. Cawangan Pendidikan Kesihatan
12. Cawangan Inspektorat dan Perundangan

Program Kesihatan Awam dilaksana melalui 12 Pejabat Kesihatan Daerah yang masing-masing menyelaras pelaksanaan aktiviti melalui infrastruktur klinik kesihatan yang telah disediakan.