Seksyen Pengurusan Farmasi Logistik bertanggungjawab bagi merancang keperluan peruntukan negeri bagi ubat-ubatan, bukan ubat , vaksin, gas perubatan dan reagen bagi kegunaan hospital dan klinik kesihatan KKM .Aktiviti yang dibuat adalah menguruskan agihan peruntukan bagi ubat-ubatan, bukan ubat , vaksin, gas perubatan dan reagen untuk hospital dan klinik kesihatan KKM dan memantau perbelanjaan 

Selain itu , seksyen ini bertanggungjawab memantau prestasi perkhidmatan bekalan ubat yang diperolehi sama ada secara konsesi atau kontrak pusat KKM dan menyalurkan maklumat kepada pihak KKM dari segi bekalan dan penghantaran, kualiti produk, invois dan pembayaran dan juga panggil balik produk. 

Antara aktiviti lain adalah memantau prestasi simpanan stok ubat-ubatan dan bukan ubat di semua stor fasiliti KKM bagi memastikan perbelanjaan diuruskan dengan cekap dan simpanan stok sentiasa berada di tahap optimum. 

Aktiviti bagi menambahbaik kualiti Perkhidmatan Farmasi KKM menerusi Audit Dalaman Amalan Farmasi (ADAF) dilaksanakan di peringkat negeri.